Die pharmazeutische Weiterbildung zum Fachapotheker ist durch Weiterbildungsordnungen der Apothekerkammern geregelt. Weiterbildung ist dabei definiert als Spezialisierung auf ein bestimmtes pharmazeutisches Gebiet, die praxisbezogen und parallel zu einer hauptberuflichen Tätigkeit absolviert wird. Die Weiterbildung kann nur an einer anerkannten Weiterbildungsstätte absolviert werden. Die Anerkennung solcher Weiterbildungsstätten ist ebenfalls Aufgabe der Apothekerkammern. Bei einer Vollzeitbeschäftigung dauert sie mindestens 36 Monate. Der praktische Teil der Weiterbildung wird durch 120 Stunden theoretische Seminarveranstaltungen ergänzt.
Die Qualifikation in einem Spezialgebiet muss zum Abschluss der Weiterbildung in einer mündlichen Prüfung nachgewiesen werden. Der erfolgreiche Abschluss der Weiterbildung berechtigt dann zum Führen einer Fachapothekerbezeichnung.