Apotheker sind, wie die anderen freien Berufe auch, gemäß den Bestimmungen der Kammergesetze der Bundesländer pflichtgemäß in Kammern organisiert. Die Apothekerkammern sind dabei Körperschaften öffentlichen Rechts. Hauptaufgabe der Apothekerkammern ist die Regelung und Überwachung der Berufspflichten der Apotheker, insbesondere durch den Erlass von Berufsordnungen, Weiterbildungsordnungen und Fortbildungsordnungen. Die Bundes-Apothekerordnung (BApO) enthält Regelungen über die Approbation und Berufsausübung der Apotheker.
Über ihre gesetzlichen Aufgaben hinaus bieten die Apothekerkammern ihren Mitgliedern auch Dienstleistungen wie zum Beispiel Beratung in apotheken- und arzneimittelrechtlichen Fragen, Regionale Arzneimittelinformationszentren (RAIZ) sowie Zertifizierung von Qualitätsmanagement-Systemen in Apotheken an. Darüber hinaus verstehen sie sich auch als Interessenvertretung ihrer Mitglieder gegenüber der Politik und anderen Organisationen innerhalb des Gesundheitswesens. Außerdem liegt bei den Apothekerkammern auch die Zuständigkeit für die Ausbildung und Prüfung der Pharmazeutisch-Kaufmännischen Angestellten (PKA).
Insgesamt gibt es in der Bundesrepublik Deutschland 17 (Landes-)Apothekerkammern. Lediglich in Nordrhein-Westfalen gibt es auf Grund der historischen Entwicklung zwei Apothekerkammern: die Kammer Nordrhein sowie die Kammer Westfalen-Lippe. Der freiwillige Zusammenschluss der Landesapothekerkammern in der Bundesapothekerkammer (BAK) soll die Wahrnehmung der gemeinsamen Interessen auf Bundesebene ermöglichen. Die Bundesapothekerkammer ist jedoch, ebenso wie die Bundesärztekammer, selbst keine Körperschaft öffentlichen Rechts, sondern eine freiwillige Vereinigung der 17 Landesapothekerkammern. Die Landesapothekerkammern gehören zur Bundesvereinigung Deutsche Apothekerverbände (ABDA), die die oberste Standesvertretung der Apotheker bildet.
Neben den Apothekerkammern gibt es die Apothekerverbände bzw. -vereine. Dies sind freiwillige Zusammenschlüsse der Apotheker mit einer Betriebserlaubnis zur Leitung öffentlicher Apotheken sowie der Verwalter öffentlicher Apotheken auf regionaler und Landesebene mit dem Ziel, vor allem die wirtschaftlichen Interessen der Mitglieder zu vertreten. Die Rechtsform der (Landes-) Apothekerverbände ist die eines eingetragenen Vereins. Die Landesapothekerverbände bilden gemeinsam den Deutschen Apothekerverband (DAV), der seinerseits Mitglied der Bundesvereinigung Deutscher Apothekerverbände (ABDA) ist.
Weiterhin gibt es die Apothekengewerkschaft Adexa, in der alle Berufsgruppen in der öffentlichen Apotheke organisiert sind. Für Apotheker und Pharmazeuten steht auch der VAA (Verband angestellter Akademiker und leitender Angestellter der Chemischen Industrie e.V.) offen. Er beschreibt sich selbst als „Organisation für Führungskräfte und Führungsnachwuchskräfte in der Chemie und den angrenzenden Branchen“ mit rund 30.000 Mitgliedern.
Die Krankenhausapotheker sind im Bundesverband Deutscher Krankenhausapotheker e.V. (ADKA) organisiert. Der ADKA versteht sich als Interessenvertretung aller Krankenhausapotheker in Deutschland und hat nach eigenen Angaben etwa 1.600 Mitglieder.
Weitere Berufsverbände und die wissenschaftlichen Organisationen und Gesellschaften der Pharmazeuten und Apotheker finden sich in der Link-Liste.